Jan Sarkander urodził się 20 grudnia 1576 r. w Skoczowie. Jego matka Helena Górecka z Kornic pochodziła
z rozgałęzionego rycerskiego rodu, ojciec Grzegorz Maciej Sarkander był zamożnym mieszczaninem. Jan miał przyrodniego brata Mateusza Welczowskiego z pierwszego małżeństwa matki oraz własne rodzeństwo – braci Pawła, Wacława i Mikołaja oraz nieznaną z imienia siostrę. Ojciec zmarł, gdy Jan miał 12 lat. Wdowa wraz z dziećmi przeniosła się do najstarszego syna Mateusza na Morawy, do miasta Przybora. Tam Jan uczęszczał do szkoły parafialnej, a potem kontynuował naukę w kolegium jezuickim w Ołomuńcu.